Если переименовать программу в rufus*p.exe или в rufusp.exe (в конце имени должна стоять буква "p") то она перейдёт в portable режим работы при котором настройки сохраняются в файле rufus.ini, а вспомогательный модуль rufus.com после завершения работы программы автоматически удаляется.